El problema que he visto anteriormente es que a veces en nuestro template se cargar los archivos de bootstrap sin saber porqué en el header.

<script src="/media/jui/js/bootstrap.min.js" type="text/javascript"></script>

Lo sucede es que modulos que solemos tener configurados como por ejemplo "breadcrumbs"  cargan bootstrap en su codigo.

Si observamos en /mod_breadcrumbs/default.php en las primeras lineas hace la llamada a:

....

JHtml::_('bootstrap.tooltip');

....

Lo que hace es que cargue todo los archivos (js,css) por defecto de bootstrap.

Para evitar la carga de bootstrap podemos cargar modificaciones desde nuestro template y eliminar todos los usos de JHtml::_('bootstrap'). Ejemplo en nuestro template podemos crear una carpeta que sea /html/mod_breadcrumbs/ con el fichero default.php para modificar a nuestro gusto el modulo.